San Martín decidió no intervenir con su ejército en las guerras civiles rioplatenses y se dedicó a armar una flota para legar hasta Perú. La expedición naval partió en agosto de 1820 y, luego de desembarcar en Pisco, avanzó hacia Lima sin arriesgarse a una batalla definitiva. El cambio en la situación política española, donde un general liberal, Rafael de Riego, había sublevado a sus tropas contra Fernando Vil y le había impuesto fuertes controles dando por tierra con su poder absoluto, abría muchas posibilidades para una negociación.

Y así fue: un golpe desplazó al ultrarrealista virrey peruano Joaquín de la Pezuela para poner en su lugar al liberal José de a Serna, un virrey dispuesto a negociar con el también liberal San Martín. Poco después, De la Serna entregaba Lima a San Martín, quien declaró la Independencia del Perú el 28 de julio de 1821 y poco después asumió corno Protector. Pero, en adelante, la administración del Estado peruano no le traería a San Martín sino problemas, sin contar con que las tropas realistas seguían en operaciones que los desorganizados revolucionarios no podían derrotar.

Una solución llegó desde el otro gran núcleo revolucionario de América del Sur Venezuela. Tropas veteranas al mando de Simón Bolívar, perfectamente pertrechadas y con grandes recursos, se aproximaban al Perú a comienzos de 1822. Los días 26 y 27 de julio, Bolívar y San Martín se reunieron en Guayaquil: los resultados fueron los previstos. El jefe más fuerte y poderoso, Bolívar, tomó el control total de la situación, mientras que San Martín abandonó su mando para iniciar un argo exilio europeo que sólo culminaría con su muerte en Boulogne sur Mer (Francia), el 17 de agosto de 1850.

Por su parte, Bolívar prosiguió las acciones militares: las victorias de Junín, el 6 de agosto de 1824, y Ayacucho, el 9 de diciembre del mismo año, terminaron con todo vestigio del dominio español en América del Sur.